Os efeitos maléficos que o laser pode causar se limitam aos olhos. As lesões oculares que se manifestam variam de acordo com o comprimento de onda da luz laser. Os laseres vermelho e infravermelho utilizados na fototerapia podem causar os seguintes efeitos:
Luz visível, de 400 a 780 nm (o laser vermelho utilizado tem comprimento de onda aproximado de 685 nm):
A retina sofre lesões de natureza térmica e fotoquímica, já que todos os demais elementos do globo ocular são transparentes para estes feixes.
Raios infravermelhos A, de 780 a 1.400 nm (o laser infravermelho utilizado tem comprimento de onda aproximado de 830 nm):
Estes comprimentos de onda são os mais perigosos para o olho, que não percebe os feixes deste comprimento, mas os focaliza sobre a retina, na qual provocam queimaduras graves e lesões fotoquímicas da retina. Além disso, parte destes feixes é absorvida pelo cristalino, levando à turvação do mesmo, isto é, à catarata.
Isso quer dizer que nunca podemos olhar diretamente para o feixe laser sendo indispensável a utilização do óculos de proteção pelo paciente, operador e auxiliar.