O protocolo de aplicação do laser prevê a prévia limpeza e secagem da superfície (intra ou extra-oral). Isso melhora a penetração do laser devido a menor reflexão da luz, que acontece em maior grau quando a superfície contém água (a água reflete mais a luz). Caso a superfície não esteja seca, isso não impedirá a ação terapêutica do laser. O que pode ocorrer é o laser alcançar menor profundidade de penetração nos tecidos. Esta menor penetração ocorre também quando empregamos potências menores. Quanto menor a potência utilizada, menor será a penetração do laser nos tecidos.